9月16日下午，日本召开临时国会，参众两院举行了首相指名选举。当天，自民党新任总裁菅义伟在众议院465票中获得314票，在参议院245票中获得142票，成功当选日本第99任首相。
据日本共同社报道，在接受国会参众两院提名后，新首相前往首相官邸办公室，设立组阁本部，并由下一任内阁官房长官对外公布内阁名单。之后，新一任内阁将前往日本皇宫参加由天皇主持的首相任命仪式和内阁认证仪式，届时新一任内阁即正式启动。当天晚上，菅义伟将举行记者会。
9月16日下午，日本新一任官房长官加藤胜信公布了新一届内阁名单。
除首相菅义伟外，新内阁共有20名内阁大臣，其中有8名安倍内阁大臣留任原职，包括副首相兼财务大臣麻生太郎、外交大臣茂木敏充、文部科学大臣萩生田光一、经济产业大臣梶山弘志、国土交通大臣赤羽一嘉、环境大臣小泉进次郎、负责新冠疫情应对的经济再生担当大臣西村康稔、奥运担当大臣桥本圣子。
3名安倍内阁大臣改任其他职务，包括厚生劳动大臣加藤胜信改任内阁官房长官、国家公安委员长武田良太改任总务大臣、防卫大臣河野太郎改任行政改革担当大臣。
首次入阁的有5人，分别是农林水产大臣野上浩太郎、防卫大臣岸信夫、复兴大臣平泽胜荣、地方创生担当大臣坂本哲志、世博担当大臣井上信治。值得关注的是，新任防卫大臣岸信夫为安倍晋三胞弟，他曾担任过日本外务副大臣、防卫大臣政务官等职务。前任防卫大臣河野太郎调任行政改革担当大臣。
菅义伟增设了数字厅和数字担当相一职，希望推动日本数字化改革；资历颇深的河野太郎调任为行政改革担当大臣，凸显了他想要重点推进行政改革的决心。
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